samedi 27 septembre 2014

Mon CV

English curriculum (PDF) - August 2016 update

CV en français (PDF) - Mise à jour d'août 2016


Marc DELOGER
34 ans
Marié – 2 enfants
Plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy
UMS AMMICA (INSERM US23 / CNRS UMS3655)

FORMATION :

• 01/2017 -> : Chef de projet en analyse de données NGS à l'Institut Curie de Paris (75) et membre du bureau APLIBIO RNA-seq (Alliance des Plateformes Bioinformatiques d'Ile de France) (2013 ->) et de la SFBI (Société Française de Bio-Informatique) (2016 ->)
• 06/2013 -> 01/2017 : Bioinformaticien à l'Institut Gustave Roussy de Villejuif (94)
• 09/2011 -> 05/2013 : Post-doctorat "Projet ANR GENAMIBE – Comprendre la pathogénicité d'Entamoeba en utilisant une étude de transcriptomique et phylogénomique comparative" co-encadré par Chung-Chau HON et Nancy GUILLEN à l’institut Pasteur de Paris.
• 10/2009 -> 08/2011 : Post-doctorat "Assemblage de données GSS et caractérisation des éléments transposables du tabac" et "Analyse de données 454 de projet RNA-seq de rétrotransposons de tabac" co-encadré par Marie-Angèle GRANDBASTIEN et Hadi QUESNEVILLE (URGI) à l’INRA de Versailles (fin de contrat 30/09/2011). Validation expérimentale in-vivo des nouveaux éléments transposables détectés in-silico par PCR/Clonage/Séquençage effectuée par moi-même.
• 09/2006 -> 09/2009 : Doctorat "Etude de l’expression des éléments transposables chez Drosophila melanogaster par approche bioinformatique" au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE UMR CNRS 5558) à l’Université Claude Bernard Lyon1 sous la direction de Marie-France SAGOT et Cristina VIEIRA.
• 09/2004 -> 07/2006 : Master Recherche Bioinformatique et Génomique à l’Université de Versailles Saint-Quentin en Yvelines (U.V.S.Q 78), mention Très Bien.
• 09/2003 -> 07/2004 : Licence Biologie Cellulaire et Physiologie, avec option génétique moléculaire et cellulaire et génétique des populations, mention Assez Bien.
• 09/2001 -> 07/2003 : DEUG SV mention Assez Bien.
• 09/1999 -> 07/2001 : 2 années de prépa à l’ Ecole Supérieure d’Ingénieurs en Electronique et Electrotechnique ( E.S.I.E.E Paris) : établissement en partenariat avec la Chambre de Commerce et d’Industrie de Paris. Initiation à la programmation.
• 07/1999 : Baccalauréat scientifique spécialité mathématiques, avec option Technologie des Systèmes Automatisés ( T.S.A ) en 1999. Mention Assez Bien.

COMPETENCES INFORMATIQUES :

• Utilisation de différents logiciels d’assemblage (Velvet, Cabog, Mira3, Abyss, Newbler, CAP3, Oases), de mapping (STAR, Tophat, Bowtie, CRAC et BWA), de recherche de transcrits de fusion (defuse, fusioncatcher, SOAPfuse)  et outils bioinformatiques de tous types sur des clusters de calcul (ordonnanceur SGE à l’IN2P3, Genotoul, URGI, MIGALE et Pasteur, Torque à Gustave Roussy).
• Utilisation du logiciel d’analyse statistique R (notamment les packages DESeq, edgeR, limma, sequenza, sciclone).
• Programmation Perl/Bioperl principalement, Python/Tkinter et scripting bash/R. Connaissances de base sur différents langages de programmation : SQL, C/C++, Java, PHP, HTML, CGI. Capacité d'adaptation rapide à tout langage ou programme informatique non inclus dans cette liste.
• Gestion de systèmes d’exploitations Mac et Linux (Ubuntu, Debian, Mandrake, RedHat essentiellement), mise en place et gestion de réseaux ethernet et ex co-administrateur de chat IRC italien.

DEVELOPPEMENTS INFORMATIQUES :

• 2013-maintenant : Mise en place des pipelines d'analyse NGS de tous types dédiés à la recherche contre le cancer ainsi qu'à la médecine de précision.
• 2011-2013 : Pipeline d’analyse de données RNA-seq Illumina à base de scripts Perl/BioPerl/Bash (contrôle de la qualité des lectures, mapping, détection de jonctions, réannotation de modèles de gènes, expression différentielle etc…).
• 2009-2011 : Scripts Perl/BioPerl/Bash de lancement parallèle sur cluster de logiciels d’assemblage de données génomiques et de comparaison des résultats afin d’évaluer la qualité des assemblages. Pipeline d’analyse de données de projet 454 RNA-seq à base de scripts Perl/BioPerl/Bash.
• 2006-2009 : Scripts Perl/BioPerl/Bash de lancement parallèle massif de BLASTs sur le cluster de l’IN2P3, récupération, filtrage successif de plus en plus stringent des données et analyse.
• 2006 : - Stage M2 : Mise au point d’un script Perl/BioPerl de traitement de données génomiques. Lancement de Mummer3, récupération et traitement itératif de données issues de Mummer3 en utilisant des structures de données complexes (hash de hash, liste de liste etc…).
             - Projet C/C++ (Master) : construire une hiérarchie (visualisable sous forme de dendogramme) à partir d’une matrice initiale pas nécessairement symétrique. Le principe de la méthode est de réduire la matrice de distance initiale à une matrice de rang pour construire un arbre dont la topologie est espérée plus robuste.
• 2005 : Scripts Scilab d’analyse statistique de données bio-médicales de patients atteints de la maladie de Marfan.

ENSEIGNEMENTS :

• Principes de séquençage NGS dans le cancer, et introduction aux procédés d’analyse bioinformatique dans le M2 Sciences chirurgicales de la faculté de médecine de l'Université Paris-Sud
• Module Big Data à l'IFSBM (Ecole des Sciences du Cancer)
• Formations internes à Gustave Roussy : Initation à l'analyse de données NGS (GALAXY)
• Organisateur et formateur à l'école "NGS et cancer" du cancéropôle de Paris (GALAXY)
• Responsable RNA-seq et encadrant à l'école AVIESAN/IFB de bioinformatique à Roscoff (GALAXY)
• Mathématiques appliquées aux Sciences du Vivant (MathSV) niveau L1
• Biostatistiques et Bioinformatique niveau L2
• Bioinformatique niveau L3
• Recherche Documentaire niveau L1
• Initiation aux bases de données ENS Lyon
• Initiation à la bioinformatique à l’Université d’Etat de São Paulo au Brésil

LANGUES ETRANGERES :

• Niveau d’anglais lu, écrit, parlé (depuis 1990). Score de 563 au TOEFL en 2000. Travail dans une équipe de 12 personnes représentant 9 nationalités à l’Institut Pasteur.
• Langue italienne lue, écrite et parlée couramment (j’ai vécu 7 ans en Italie).

PUBLICATIONS :

• Heidmann O, Beguin A, Paternina J, Berthier R, Deloger M, Bawa O, Heidmann T. HEMO, an ancestral endogenous retroviral envelope protein shed in the blood of pregnant women and expressed in pluripotent stem cells and tumors. Submitted
• Harttrampf AC, Lacroix L, Deloger M, Deschamps F, Puget S, Auger N, Vielh P, Varlet P, Allorant A, Valteau-Couanet D, Sarnacki S, Gamiche L, Meurice G, Minard-Colin V, Grill J, Brugieres L, Dufour C, Gaspar N, Le Deley MC, Vassal G, Soria JC, Geoerger B. MOlecular Screening for CAncer Treatment Optimization (MOSCATO-01) in pediatric patients: A monocentric prospective molecular stratification trial. Submitted
• Lefèbvre C, Bachelot T, Filleron T, Pedrero M, Campone M, Soria JC, Massard C, Lévy C, Arnedos M, Garrabey J, Boursin Y, Deloger M, Fu Y, Commo F, Scott V, Lacroix L, Martin E, Diéras V, Gonçalves A, Ferrerro JM, Romieu G, Vanlemmens L, Mouret Reynier MA, Théry JC, Kerbrat P, Guiu S, Dalenc F, Clapisson G, Bonnefoi H, Jimenez M, Le Tourneau C, André F. Mutational profile of metastatic breast cancers: A Retrospective Analysis. PLoS Med. 2016 Dec 27
• Sullivan I, Deloger M, Lacroix L, Job B, Dorvault N, Adam J, Honore A, Gianoncelli L, Le Teuff G, De Montpreville V, Besse B, Soria JC, Scoazec JY, Baudin E, Planchard D. Genomic profile in pulmonary neuroendocrine tumors (puNETs): the whole-exome sequencing (WES) as a strategic tool. Annals of oncology. ESMO 2016 Congress Abstract Book.
• Jovelet C, Ileana E, Le Deley MC, Motte N, Rosellini S, Romero A, Lefebvre C, Pedrero M, Pata-Merci N, Droin N, Deloger M, Massard C, Hollebecque A, Ferte C, Boichard A, Postel-Vinay S, Ngo-Camus M, De Baere T, Vielh P, Scoazec JY, Vassal G, Eggermont AM, Andre F, Soria JC, Lacroix L. Circulating cell-free tumor DNA (cfDNA) analysis of 50-genes by next-generation sequencing (NGS) in the prospective MOSCATO trial. Clin Cancer Res. 2016 Jan 12. pii: clincanres.2470.2015. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 26758560.
• Hon CC, Weber C, Koutero M, Deloger M, Coppee JY, Guillen N. Surveying Entamoeba histolytica Transcriptome Using Massively Parallel cDNA Sequencing. Amebiasis. 2014 Nov 18. Book chapter. http://rd.springer.com/chapter/10.1007%2F978-4-431-55200-0_7
• Hon CC, Weber C, Sismeiro O, Proux C, Koutero M, Deloger M, Das S, Agrahari M, Dillies MA, Jagla B, Coppee JY, Bhattacharya A, Guillen N. Quantification of stochastic noise of splicing and polyadenylation in Entamoeba histolytica. Nucleic Acids Res. 2013 Feb 1;41(3):1936-52. doi: 10.1093/nar/gks1271. Epub 2012 Dec 20. PubMed PMID: 23258700; PubMed Central PMCID: PMC3561952.
• Renny-Byfield S, Chester M, Kovařík A, Le Comber SC, Grandbastien MA, Deloger M, Nichols RA, Macas J, Novák P, Chase MW, Leitch AR. Next generation sequencing reveals genome downsizing in allotetraploid Nicotiana tabacum, predominantly through the elimination of paternally derived repetitive DNAs. Mol Biol Evol. 2011 Oct;28(10):2843-54. doi: 10.1093/molbev/msr112. Epub 2011 Apr 21. PubMed PMID: 21512105.
Deloger M, Cavalli FM, Lerat E, Biémont C, Sagot MF, Vieira C. Identification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster. Gene. 2009 Jun 15;439(1-2):55-62. doi:10.1016/j.gene.2009.03.015. Epub 2009 Mar 28. PubMed PMID: 19332112.
Deloger M, El Karoui M, Petit MA. A genomic distance based on MUM indicates discontinuity between most bacterial species and genera. J Bacteriol. 2009 Jan;191(1):91-9. doi: 10.1128/JB.01202-08. Epub 2008 Oct 31. PubMed PMID:18978054; PubMed Central PMCID: PMC2612450.

STAGES :

• "Gestion multi-projets" du CEGOS en 2015.
• Stage à l’INRA de Jouy en Josas (78) dans l’unité Mathématique Informatique et Génome (MIG) pour la mise au point d’un indice global de dissimilarité entre génomes bactériens proches (Janvier à Juillet 2006).
• Stage au Centre National de Génotypage à Evry (91) au Département de Statistiques Génétiques pour du calcul statistique de liaisons génétiques (de Juillet 2005 à Septembre 2005).
• Stage de première année de Master au Laboratoire de Génétique et Biologie Cellulaire (LGBC) de Versailles (FRE 2445 CNRS) pour la mise en place d’un programme de prédiction de sévérité à partir d’un génotype pour la maladie de Marfan (de Décembre 2004 à Avril 2005).
• Etudiant intérimaire chez AVENTIS à Marcy L’Etoile pendant 9 semaines dans le département Recherche pour la mise en place de la souchothèque informatisée (de Juillet 2003 à Septembre 2003).
• Stage ouvrier d’un mois, en fin de première année d’école d’ingénieur, chez IVECO (filiale camion du groupe FIAT) pour le contrôle qualité, à la chaine, des culasses après usinage.

COLLOQUES :

• 28/06/2016 - 30/06/2016 : JOBIM 2016 à Lyon
• 31/03/2014 - 01/04/2014 : Journées du PEPI Ingénierie BioInformatique et Statistique des données à haut débit (IBIS) à Paris
• 06/12/2012 - 07/12/2012 : Assemblée générale du PEPI IBIS (Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit) à Toulouse
• 31/05/2012 - 02/06/2012 : Atelier INSERM - Diversité des transcriptomes non codants révélés par RNA-seq à Bordeaux
• 07/02/2010 – 10/02/2010 : Workshop on the application of next-generation sequencing to repetitive DNA analysis in plants à Ceské Budejovice (République Tchèque)
• 30/08/2008 - 14/09/2008 : Collaboration et enseignement à São José Do Rio Preto au Brésil
• 04/07/2008 : Groupe de Travail en Génomique Comparative (GTGC) « Organisation des génomes, contraintes aléatoires »

REFERENTS SCIENTIFIQUES :

1) Daniel GAUTHERET
Directeur de Recherche
Professeur de l'Université Paris-Sud
courriel: daniel.gautheret@gustaveroussy.fr / daniel.gautheret@u-psud.fr
tél.: +33 (0) 1 42 11 41 12
Plateforme bioinformatique BiGR
UMS AMMICA INSERM US23 / CNRS UMS3655
Gustave Roussy
Bât. B2M étage 1 pièce 142
114 rue Édouard-Vaillant
94805 VILLEJUIF cedex

2) Nancy GUILLEN
Directeur de recherche - CNRS
courriel: nancy.guillen@pasteur.fr
tél.: +33 (0) 1 45 68 86 75
fax: +33 (0) 1 45 68 86 74
BCP – INSERM U786
Bâtiment Duclaux – Aile Bertrand
Institut Pasteur – 28 rue du docteur Roux
75724 Paris cedex 15 France

3) Marie-Angèle GRANDBASTIEN
Directeur de recherche - INRA
courriel: marie-angele.grandbastien@versailles.inra.fr
tél.: +33 (0) 1 30 83 30 24
fax: +33 (0) 1 30 83 30 99
UMR 1318 IJPB – INRA - Agroparistech
Bâtiment 2
INRA, centre de Versailles – Bât. 2
78026 Versailles cedex France

4) Marie-France SAGOT
Directeur de recherche - INRIA
courriel: marie-france.sagot@inria.fr
tél.: +33 (0)4 72 44 82 38
fax: +33 (0)4 72 43 13 88
UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

5) Hélène CHIAPELLO
Ingénieur de recherche - INRA
courriel: helene.chiapello@toulouse.inra.fr
tél.: +33 (0)5 61 28 52 87
fax: +33 (0)5 61 28 53 35
BIA - INRA
Chemin de Borde-Rouge BP 52627
31326 CASTANET-TOLOSAN cedex